在德国人“拳击行动”打击下，俄军惨败，几乎没遇到像样抵抗的德军一路所向披靡，一度兵临彼得格勒，苏俄政府被迫迁都到莫斯科。

1918年3月3日，列宁同德国签署《布列斯特条约》，苏俄退出战争。此时，捷克军团处境尴尬，退出战争的苏俄不需要他们在东线作战了。

考虑到往西走就是战场。所以在谈判过后，捷克军团选择向东进入西伯利亚到海参崴，然后乘船返回欧洲。

正常情况下，这些归心似箭的捷克人会选择平平安回到故乡，但没有人想到之后有意外发生。1918年5月14日在车里雅宾斯克车站，向东去的捷克军团与向西回国的匈牙利战俘发生了冲突。

当地的苏俄政权随后逮捕了一些捷克军团士兵，准备将其处决。为营救战友，捷克军团冲击车站，随后占领了车里雅宾斯克城。

苏联军事人民委员托洛茨基命令将捷克军团人员全部缴械并逮捕。唯恐被苏俄出卖给德国人，拒绝缴械的捷克军团与苏俄翻脸了。

就这样，随着捷克军团与红军武装冲突，历史上记载的“捷克军团反叛”开始了。其后两个月，西伯利亚铁路全线彻底变成了战场。

捷克军团一边东进，一边占领经过的城市，与此同时，白卫军在捷克军团的协助下控制了从贝加尔湖到乌拉尔山区之间的西伯利亚铁路大部分地段。

在与新生的苏俄红军的早期战斗中，训练有素的捷克军团取得连连胜利。到了9月，捷克军团和白卫军肃清了整个铁路沿线的红军。

而在离占领叶卡捷琳堡几天前，由于担心沙皇成为聚集各种力量大旗，当地契卡在撤退之前根据最高层的命令处决了羁押于此的末代沙皇尼古拉二世全家。

不过到了1918年秋季，局势开始对捷克人不利，苏俄红军的转入反攻，9月10日占领喀山，一个月后占领萨马拉，战斗中捷克军团有不小的伤亡。

1919年夏秋，高尔察克军队在苏俄红军进攻下崩溃。当年11月14日，苏俄红军占领高尔察克政权的首都鄂木斯克。

捷克军团随着高尔察克军队的败退沿着西伯利亚铁路向东撤退，这个过程中不适应俄国冬季的捷克军团减员严重。

这件事严重打击了捷克军团的士气，于是在1920年2月7日在法国驻西伯利亚军事代表团团长，代表协约国安排捷克人出路的莫里斯·雅南将军和捷克军团领导人西罗维将军的指令下，把在下乌金斯克的高尔察克等人交给了伊尔库茨克社会革命党的地方当局。

根据比较可信的说法，这个时候捷克军团缴获了高尔察克手中的金砖，并拿出其中的七车皮作为“买路钱”换取安全退出。