更加令人忧虑的是，在陕北苏区内部，尖锐的政治斗争也危及着红军的生存。一九三五年七月，当会合后的红一、红四方面军徘徊于川西芦花地域的时候，极力推行“左”倾路线的陕西省委书记杜衡来到红二十六军。面对敌人大规模的“围剿”，杜衡认为革命的力量与反革命的力量对比，革命的力量已经“占了绝对的优势”，因此要求陕北红军主动迎着敌人出击，一个一个地攻打敌人重兵把守的城市，“把陕西、四川、甘肃、青海和新疆连接起来”。同时，杜衡在苏区内部掀起了“肃反运动”，目的是清查刘志丹等红军领导人“不实行土地革命”、“秘密勾结军阀”的罪行。于是，陕北苏区出现了一个奇怪的现象：前方的红军官兵在与“围剿”苏区的敌人进行残酷的战斗，后方的苏区里却在策划着如何逮捕审问红军干部。红二十六军营以上干部和陕甘边区县以上干部，几乎无一幸免，不少红军干部因拒不承认刘志丹“秘密勾结军阀”而遭杀害。刘志丹是在劳山战役结束后去安塞的路上，得到自己将要被逮捕的消息的。当时他遇到了一个从瓦窑堡赶来的通信员，通信员并不知道信件的内容，既然信是要送到第十五军团的，通信员就把信交给了军团参谋长刘志丹。刘志丹打开一看，是一连串的逮捕名单，第一个就是他的名字。刘志丹把信件还给了通信员，说：“你把信送到军团部去吧，告诉他们我自己去瓦窑堡了。”在瓦窑堡，和刘志丹关押在一起的还有陕甘边区苏维埃主席习仲勋。刘志丹被污蔑为“为消灭红军而创造红军根据地的反革命”——在瓦窑堡的城门外，砍刘志丹脑袋的大坑已经挖好了。

中共中央在吴起镇召开的政治局扩大会议作出的另一个重要决定是：派王首道、贾拓夫两同志立即赶赴瓦窑堡，迅速将中央的情况告诉他们，同时勒令陕北苏区立即停止“肃反运动”。中央还决定成立由博古负责的党务委员会，任务是迅速纠正陕北苏区错误的“肃反运动”。刘志丹在中央“刀下留人”的命令下走出了关押室，他见到了毛泽东和周恩来。后来周恩来说：刘志丹“是一个真正具有共产主义品质的共产党员”。

在吴起镇，年轻的红军团长黄开湘死了。

红军到达吴起镇后，黄开湘患上了严重的伤寒病，高烧四十多摄氏度，天天昏迷着。医生想尽了一切办法救治他，就是没想到他枕头下面有一把手枪。昏迷状态下的黄开湘，不知什么时候摸到了枕下的那把手枪，他朝着自己的头扣动了扳机。

这把“六轮子”手枪是黄开湘的心爱之物。手枪跟着他走过了千山万水，总是被擦得一尘不染。红军渡过赤水河后，黄开湘成为红一军团二师四团团长，和政委杨成武一起，指挥着中央红军中最勇敢的前锋部队，经历了无数次残酷的战斗。部队过松潘大草地时，黄开湘对杨成武说：“老杨，我们一定要熬过去，熬过去就好办了。”年轻的红军团长走出了草地，突破了腊子口，翻过了岷山和六盘山，他曾经幻想过：“将来革命胜利了，是什么样呢？”他没能等到革命胜利就离开了人世。黄开湘的搭档杨成武那时也患着伤寒。听到消息后，杨成武在高烧中骑马赶来。那一天天降鹅毛大雪，杨成武赶到的时候，看见的是一座新坟，坟上的积雪已经落了厚厚的一层……